公司拖欠工资却仍进行个税申报，员工可能面临以下法律风险：
1. 工资追讨时效风险：依据相关法律，劳动争议仲裁时效为一年。若员工在公司拖欠工资后长期未维权，可能超过时效，无法通过法律强制公司支付。例如，王某所在公司自2022年1月起拖欠工资，他未投诉或仲裁，直至2023年3月才申请，此时已超一年时效，仲裁机构可能驳回请求。
2. 个人税务风险：若公司已代扣个税但未缴纳给税务机关，税务机关可能向员工追缴。员工需自行垫付后再向公司追偿，增加经济负担和维权成本。比如，李某公司为其申报2022年10月个税并代扣税款，却未缴纳，2023年税务核查时要求李某补缴，他不得不先自缴再通过法律追讨。
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即便公司拖欠工资却已个税申报，员工仍应依法追讨工资，个税申报不影响其追讨权利。
若公司仅申报个税而未实际支付工资，员工可通过法律途径要求支付。若公司已代扣个税却未缴至税务机关，员工需留意自身税务记录是否异常，避免因公司过错影响个人信用。
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公司拖欠工资且个税申报时，员工处理过程中易出现以下常见错误操作：
1. 混淆个税申报与工资支付：部分员工误以为公司申报个税即工资已发，从而拖延维权，导致超过劳动仲裁时效，错失良机。
2. 以停薪或旷工抗议：一些员工因被欠薪采取停薪或旷工方式抗议，此举可能违反公司规章，反被公司以违纪处罚，不利于维权。若您遇到此类情况，建议避免上述错误，及时采取正确维权方式。需要的话，我可以为您提供解答，进一步分析具体应对策略。
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公司拖欠工资但已个税申报时，以下特殊或例外情形可能影响问题处理：
1. 公司进入破产清算：若公司因经营不善进入破产清算，员工工资将作为破产债权清偿。员工需在规定时间内向破产管理人申报债权，工资优先于普通债权受偿，但可能无法全额获得，具体取决于公司破产财产状况。
2. 双方签订工资支付协议：若员工与公司就欠薪支付时间、方式等签订合法书面协议，双方需按协议履行。公司未履约时，员工可凭协议直接向法院起诉，无需先经劳动仲裁。
3. 员工存在过错致公司损失：若公司能证明员工因个人过错造成重大经济损失，且劳动合同约定可从工资中扣除赔偿，公司可能在支付欠薪时扣除相应金额，但扣除后工资不得低于当地最低工资标准。

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